Η δημιουργία του Ατομικού Ηλεκτρονικού Φακέλου Υγείας αποτελεί προτεραιότητα του υπουργείου Υγείας στα πλαίσια της μεταρρύθμισης στον τομέα της ιατροφαρμακευτικής περίθαλψης μαζί με τον θεσμό του οικογενειακού γιατρού. Πρόκειται για έναν ηλεκτρονικό φάκελο που θα ενεργοποιείται από τον οικογενειακό γιατρό που έχει κάθε ένας επιλέξει, αλλά θα μπορεί να ενεργοποιείται από κάθε πιστοποιημένο από το σύστημα αρχειοθέτησης του ΑΗΦΥ γιατρό, παθολόγο, γενικό γιατρό ή παιδίατρο. Κύριος στόχος της δημιουργίας του ΑΗΦΥ είναι η πλήρης κι οριστική κατάργηση των βιβλιαρίων υγείας. Ο φάκελος αυτός θα περιλαμβάνει όλο το ιστορικό περίθαλψης και νοσηλείας του ασθενούς και θα είναι ισόβιος. Θα περιλαμβάνει ακόμα πληροφορίες κι εκτιμήσεις για όλη την πορεία κι εξέλιξη του ιδιοκτήτη του. Ακόμα στον ΑΗΦΥ θα περιληφθεί η ηλεκτρονική συνταγογράφηση καθώς και η συνολική δαπάνη για την ασφάλισης υγείας του κάθε ασθενούς όπως είναι καταγεγραμμένη στα μητρώα του ΕΟΠΥΥ. Όλοι οι γιατροί κι επαγγελματίες του τομέα της υγείας που θα παρακολουθούν τον κάθε ασθενή, θα πρέπει υποχρεωτικά να καταχωρούν στον ΑΗΦΥ του όλες τις λεπτομέρειες που έχουν να κάνουν με την διάγνωση, την παρακολούθηση, τη θεραπεία και την αποκατάσταση της σωματικής και ψυχικής υγείας του. Ο τρόπος λειτουργίας και τήρησης του ΑΗΦΥ ορίζεται από το άρθρο 84 του νομοσχεδίου για τη μεταρρύθμιση στον τομέα της υγειονομικής περίθαλψης και διέπεται από το γενικό κανονισμό περί προστασίας των προσωπικών δεδομένων.
Ο ΑΗΦΥ θα ανοίγεται μέσω της ΗΔΙΚΑ και όλα τα στοιχεία του φακέλου θα είναι συγκεντρωμένα εκεί. Αυτόματα με την επιλογή οικογενειακού γιατρού ο κάθε πολίτης θα λαμβάνει έγγραφο με όλα τα στοιχεία της εγγραφής του και με τους κωδικούς πρόσβασης στον ΑΗΦΥ του. Η ΗΔΙΚΑ θα διατηρεί το δικαίωμα να δίνει πληροφορίες από τους ηλεκτρονικούς φακέλους των ασθενών, ανώνυμα πάντα, για χρήση τους σε επιδημιολογικές, στατιστικές, οικονομικές, διοικητικές και διαχειριστικές έρευνες και αναλύσεις με απώτερο σκοπό τη βελτίωση των ιατροφαρμακευτικών παροχών και των δεικτών δημόσιας υγείας. Η παροχή αυτών των πληροφοριών θα γίνεται με το αζημίωτο, επομένως ενδέχεται η δοσοληψία αυτή να είναι ιδιαιτέρως επικερδής για το υπουργείο Υγείας. Η ειδική άδεια που θα απαιτείται για την πρόσβαση στα ιστορικά των ασθενών θα δίδεται έναντι συνδρομής ή ειδικού παραβόλου σε πανεπιστήμια κι ερευνητικά κέντρα. Τα δεδομένα θα λαμβάνονται μέσω ειδικής πλατφόρμας ανώνυμα, και το υπουργείο Υγειάς εγγυάται ότι τα προσωπικά δεδομένα των πολιτών δε θα διαρρεύσουν προς εργοδότες, ασφαλιστικές εταιρείες και τράπεζες.
Παρόλα αυτά υπάρχουν αμφιβολίες, ανησυχίες κι αντιρρήσεις για το κατά πόσον τα προσωπικά δεδομένα των ασθενών είναι ασφαλή μέσα στην ΗΔΙΚΑ. Ο πρώτος λόγος αμφισβήτησης έγκειται στο ότι όλες οι πληροφορίες των ασθενών θα συγκεντρωθούν στην ΗΔΙΚΑ και θα πάψουν να υφίστανται στον ΕΟΠΥΥ. Στα Ευρωπαϊκά κράτη είθισται το πληροφοριακό υλικό τέτοιου τύπου να μοιράζεται σε περισσότερους του ενός φορείς ώστε να διασφαλίζεται ότι κανένας φορέας δε θα χορηγήσει στοιχεία χωρίς την άδεια του άλλου. Η ΗΔΙΚΑ επιπλέον αποτελεί ανώνυμη εταιρεία που υπάγεται στο υπουργείο Εργασίας μεν, αλλά δεν αποτελεί φορέα του Δημοσίου δε, γεγονός που εγείρει ακόμα περισσότερες αμφιβολίες για την ασφάλεια των στοιχείων σε βάθος χρόνου καθώς μπορεί να αλλάξει ιδιοκτήτες ή να διαρρεύσουν δεδομένα των πολιτών προς άλλες εταιρείες. Έπειτα προκειμένου να ανοιχτεί ο ΑΗΦΥ του κάθε πολίτη ο ίδιος πρέπει να δίνει ρητή συγκατάθεση ότι επιτρέπει να χρησιμοποιηθούν πληροφορίες από το φάκελο του για ερευνητικούς σκοπούς. Μάλιστα λέγεται ότι ο πολίτης θα ενημερώνεται μέσω email ή γραπτού μηνύματος για το αν κάποιος αποκτήσει πρόσβαση στο φάκελό του και πότε. Ωστόσο στην πορεία δεν μπορεί να αλλάξει αυτή του την επιλογή διότι δεν ερωτάται ξανά αφενός, αφετέρου αν αρνηθεί τη δημιουργία του ηλεκτρονικού φακέλου στο σύνολο του μπορεί να έχει περιορισμένη ή καθόλου πρόσβαση σε ιατρικές υπηρεσίες. Όλα αυτά τα εύλογα ερωτηματικά και οι προβληματισμοί χρήζουν διασαφήνισης μέχρι την ψήφιση του νομοσχεδίου από την ολομέλεια της Βουλής. Μέχρι στιγμής 150 χιλιάδες πολίτες έχουν ήδη ανοίξει τον ΑΗΦΥ τους ταυτόχρονα με την ηλεκτρονική επιλογή του οικογενειακού τους ιατρού.